As lesões têm sido um dos principais problemas do São Paulo nesta temporada, prova disso é que o time lidera a lista dentre os times da série A com mais problemas médicos, visto que em 46 jogos disputados 32 casos de problemas foram identificados.
Seguido do Tricolor Paulista, vem o Grêmio com 30 casos e a Chapecoense com 29.
Problemas médicos na Série A do Brasileirão:
| Clube | Problemas médicos | Jogos na temporada |
| São Paulo | 32 | 46 |
| Grêmio | 30 | 47 |
| Chapecoense | 29 | 38 |
| América-MG | 28 | 35 |
| Palmeiras | 25 | 47 |
| Internacional | 25 | 41 |
| Corinthians | 22 | 40 |
| Ceará | 21 | 45 |
| Sport | 21 | 37 |
| Atlético-MG | 20 | 45 |
| Fluminense | 20 | 44 |
| Flamengo | 18 | 44 |
| Santos | 17 | 46 |
| Cuiabá | 16 | 33 |
| Fortaleza | 15 | 41 |
| Bragantino | 14 | 44 |
| Bahia | 13 | 51 |
| Atlético-GO | 11 | 42 |
| Juventude | 9 | 30 |
| Athletico-PR | 8 | 42 |
Na eliminação do São Paulo para o Palmeiras nas quartas de final Libertadores ficou evidente a dificuldade do técnico Hernán Crespo em contar com jogadores importantes do plantel, pois Benítez, articulador do time, não estava disponível devido a um desconforto no adutor da coxa esquerda.
Além dele, Luciano, artilheiro da equipe no Campeonato Brasileiro de 2020, também ficou de foram e completou dois meses desde o seu último jogo que foi contra o Santos no dia 20 de junho quando foi diagnosticado com um estiramento na coxa esquerda.
Ambos os atletas participaram de uma parte do treino com o restante do elenco nesta última quinta-feira (19), mas continuam como dúvidas para a próxima partida que é contra o Sport pela 17ª rodada do Brasileirão.
William, Welington e Marquinhos seguem se recuperando sob os cuidados do departamento médico do clube e ainda não tem previsão de retorno.
No que se refere ao elevado número de lesões, o clube identifica algumas causas como a ausência de férias aos jogadores de uma temporada a outra e também a mudança da comissão técnica com a saída de Fernando Diniz e chegada de Hernán Crespo. Além disso, alguns casos são acompanhados de maneira individual.
Eliminado da Libertadores, o São Paulo ainda tem pela frente a sequência do Campeonato Brasileiro e busca continuar a somar pontos para seguir na recuperação e subir na tabela de classificação, e a Copa do Brasil que disputa a primeira partida das quartas de final já na próxima quarta-feira (25), contra o Fortaleza, no estádio do Morumbi, às 21h30.
